Metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA), sağlık hizmetiyle ilişkili infeksiyonların önemli bir nedenidir. MRSA’nın hızlı tespiti, uygun tedavinin erken başlanabilmesi açısından kritik öneme sahiptir. Geleneksel kültür ve duyarlılık testleri en az iki gün sürmekte, moleküler yöntemler ise maliyetli olup yoğun iş gücü gerektirmektedir. Bu çalışmada MALDI-TOF kütle spektrometrisi (MS) ve lojistik regresyon temelli makine öğrenimi ile geliştirilen AMRQuest yazılımının MRSA taramasındaki klinik performansı değerlendirilmiş. Yazılım, S. aureus izolatlarının protein profillerine dayalı olarak MRSA olup olmadığını hızlı şekilde belirlemekte ve eş zamanlı tür tanımlaması yapabilmekteymiş.
AMRQuest, 430 MRSA ve 497 MSSA izolatından oluşan bir eğitim setiyle geliştirilmiş; ardından üç farklı üçüncü basamak hastaneden toplanan 537 izolat (231 MRSA, 306 MSSA) üzerinde test edilmiş. Testler, tek-kör ve randomize şekilde yürütülmüş. Referans yöntem olarak sefoksitin disk difüzyon testi kullanılmış. AMRQuest yazılımı, her izolat için 0 ile 1 arasında bir olasılık skoru üretmiş. Skor ≥0.5 ise MRSA, <0.5 ise MSSA olarak sınıflandırılmış; 0.4–0.6 aralığı düşük güvenli skor aralığı (gri bölge) olarak tanımlanmış.
AMRQuest’in MRSA tanısındaki duyarlılığı %98.7, özgüllüğü %97.7, pozitif prediktif değeri %97.4, negatif prediktif değeri %99.7 olarak hesaplanmış. ROC eğrisi altında kalan alan (AUC) 0.979, Cohen’s kappa uyum katsayısı 0.96 olarak bulunmuş. MRSA tanısında önemli katkı sağlayan m/z aralıkları SHAP ve ANOVA analizleri ile belirlenmiş, ancak hiçbir bireysel biyobelirtecin tek başına yeterli ayırt ediciliğe sahip olmadığı görülmüş. Bu durum, çoklu özelliğe dayalı taramanın, tek belirteçli analizlere kıyasla daha güvenilir olduğunu ortaya koymuş.
AMRQuest, S. aureus tanımlamasından hemen sonra saniyeler içinde MRSA taraması yapabilmekte ve geleneksel fenotipik duyarlılık testlerinden çok daha erken bilgi sunabilmekteymiş. Sefoksitin disk testiyle uyumsuz bulunan sekiz olgu SCCmec PCR ile analiz edilmiş ve referans testin doğru olduğu teyit edilmiş. Yazılım, farklı merkezlerden alınan örneklerde de tutarlı performans göstermiş. Ancak, S. aureus dışı türler için henüz validasyon yapılmamış ve bu konuda ileri çalışmalara ihtiyaç olduğu vurgulanmış.
Sonuç olarak, AMRQuest yazılımının klinik laboratuvarlarda MRSA taraması için hızlı, güvenilir ve etkili bir alternatif olarak kullanılabileceği belirtilmiş. Geleneksel yöntemlerden önce tedaviye yön vermesi ve antibiyotik kullanımını optimize etmesi açısından potansiyel fayda sunduğu ve gelecekte, farklı bakteriyel türleri ve direnç mekanizmalarını da kapsayacak şekilde yazılımın genişletilmesi gerektiği vurgulanmış.
Yong D, Park JS, Kim K, et al. Rapid screening of methicillin-resistant Staphylococcus aureus using MALDI-TOF MS and machine learning: a randomized, multicenter study. Anal Chem. 2025; 97 (29): 15667-75.
